Il Museo, inaugurato nel 1936, si trova all’interno del palazzo centrale dell’Università, affacciato sul cortile dei caduti. Conserva manoscritti, testi a stampa, strumenti scientifici, preparati anatomici e naturalistici che testimoniano la storia dell’Ateneo a partire dalle sue origini medievali. In seguito alle riforme volute dall’imperatrice Maria Teresa d’Austria, l’Università di Pavia divenne uno centri scientifici più all’avanguardia in Europa. Proprio a quel periodo risalgono i nuclei originari delle collezioni principali, la sezione di fisica e la sezione di medicina. Nella sezione di medicina, articolata in tre sale, si conservano strumenti e preparati che rimandano all’attività della scuola anatomica di Antonio Scarpa e al museo di storia naturale di Lazzaro Spallanzani, entrambi giunti a Pavia alla fine del XVIII secolo. È possibile osservare i progressi nel campo della chirurgia e della clinica, tra il XIX e il XX secolo, ad opera di Luigi Porta e Carlo Forlanini, e conoscere l’attività della scuola scientifica fondata da Camillo Golgi, il primo italiano a vincere, nel 1906, il premio Nobel per la medicina. Nella sezione di fisica è stato ricostruito il laboratorio di Alessandro Volta, originariamente al primo piano, affacciato sul portico legale, in locali adiacenti al Teatro fisico. Sotto la direzione di Volta, a partire dal 1778, il laboratorio venne attrezzato con gli strumenti più nuovi per la didattica e la ricerca e divenne un luogo ammirato da numerosi visitatori italiani e stranieri. Una seconda sala accoglie gli strumenti utilizzati dai suoi successori nel corso dell’Ottocento. Il Museo conserva anche un archivio che copre un arco cronologico compreso tra il XV ed il XX sec. La documentazione, particolarmente interessante per quanto riguarda la storia della medicina, costituisce una importante integrazione di quanto conservato presso l’Archivio di Stato di Pavia e presso l’Archivio storico dell’Università.